Le fonti scritte documentano per tutto il secolo l'occupazione della Rocca da parte di una guarnigione pisana, mentre si perdono le tracce dei Conti di Campiglia, non più residenti in questi edifici.

A seguito di tali avvenimenti gli ambienti interni perdono la loro originaria destinazione residenziale, per acquisirne una più legata alle nuove esigenze militari.

Nella torre B, probabilmente abitata da parte della guarnigione, il fondo cieco fu utilizzato in un primo momento come ripostiglio e in un secondo tempo come 'butto', dove furono gettati resti di pasti, vasellame rotto ma anche armi e armature non più utilizzabili ed una lastra di ardesia incisa.

Nel muro perimetrale est del palazzo venne invece creata una nuova apertura, per rendere più diretto il passaggio tra i fondi ciechi e la principale entrata alla Rocca.

Contemporaneamente fu realizzato un unico livello di calpestio composto da frammentario cocciopesto, argilla rossa e lastrine che, a sua volta, copriva i resti di una ridotta attività di cantiere, legata al restauro di una porzione interna di muro.
E' stata rinvenuta anche una sepoltura.

Strati di butto all’interno del fondo cieco della torre B