L'aspetto di Podium Bonizi cambiò nuovamente nel 1260, anno che segna l'emancipazione dal dominio fiorentino iniziato nel 1254 ed a cui, come sappiamo, era conseguito un abbattimento graduale delle fortificazioni. L'insediamento fu rifortificato.

A questo evento sono da ricollegare per ora delle tracce materiali in elevato e la presenza della torre posta all'interno della porta S.Francesco: frutto di un evento costruttivo omogeneo (con confronti in edifici datati alla seconda metà del XIII secolo) mostra sulla parete est evidenti tracce dell'ammorsamento di un possente muro; inoltre, la sezione posta sempre sul lato est, smottando, ha messo in luce una cospicua presenza di conci a grandi dimensioni.

Da qui la cinta, prendendo una leggera angolazione, doveva scendere ad una curva di livello sottostante, corrispondente a quella su cui è posta la Fonte delle Fate, continuando in linea retta sino a raggiungerla, inglobarla e risalire, ricongiungendosi alla parte sommitale; in questa zona sono stati infatti riconosciuti tratti murari attribuibili alla cinta muraria (lato a valle e lato a monte).

In corrispondenza del lato est della collina, le nuove mura dovevano ripercorrere l'attuale cinta di fortezza, ampliandosi sulla zona oggi destinata a vigna e raggiungendo la piccola area alle spalle dell'attuale residenza agricola; qui il processamento del volo regionale sui centri storici mostra anomalie relative al circuito e una sua svolta in direzione nord, tagliando fuori la vigna antistante il cassero mediceo ed il cassero stesso.