Il destino di Podium Bonizi è a questo punto inscindibilmente legato alla breve avventura dell'imperatore. A distanza di due mesi dalla sua morte (1270) il castello fu assediato ed espugnato da Guido di Monfort (vicario generale di Carlo d'Angiò); Firenze pagò una grossa somma in denaro per il diritto alla completa distruzione che non si limitò alle difese ed agli edifici principali, ma pare essere stata totale. La cronachistica di poco posteriore narra dell'abbattimento di abitazioni, chiese e dell'interramento delle fontane.

La popolazione fu fatta trasferire nel sottostante borgo di Marturi (l'odierno Poggibonsi) e venne promulgato solenne divieto di ricostruire il castello. La nuova comunità riuscì ancora per alcuni anni nel condurre una politica autonoma ed a fortificare con un'estesa cinta muraria il villaggio.

La distruzione e la destrutturazione dell'insediamento, voluti da Firenze nel 1270 (cioè dieci anni dopo l'ampliamento della cinta muraria) investì quindi la massima espansione degli spazi fortificati e ad una Podium Bonizi che occupava più o meno lo stesso spazio poi delimitato dalla cinta rinascimentale.