Si osservano chiaramente evidenze di piccole abitazioni impiantate su alcune delle lunghe case a schiera di Podium Bonizi.

In particolare il quartiere est rivela un riuso della struttura con l'impianto di focolari, livelli di frequentazione sotto forma di battuti, lo sfruttamento di un silos per grano probabilmente come pozzo per acqua piovana mentre una cisterna (forse perchè pesantemente obliterata dal crollo delle proprie strutture sommitali e da quello delle strutture circostanti) venne riutilizzata come un ambiente abitativo appoggiandovi uno spesso battuto di terra.

Non escludiamo che questa zona sia stato impiegata (reintegrando i muri già esistenti) per alloggi o acquartieramento di membri del seguito imperiale; tra la grande quantità di vetri rinvenuti infatti, sono venuti in luce reperti molto particolari come per esempio un reliquario di fattura estremamente pregiata con pochissimi confronti in Europa.
I livelli rilevati indicano comunque che molte delle strutture relative a Poggio Bonizio erano ancora ben visibili nel 1313.

Lo scavo mostra come Arrigo progettò meticolosamente la nuova città di "Monte Imperiale"; intendeva sicuramente riusare la possente cinta muraria superstite e realizzò un esteso sistema di fognature che sembra attraversare la collina con regolarità. La fine della breve avventura italiana di Arrigo VII coincise con la fine del nuovo centro; le milizie fiorentine attaccarono la collina e distrussero nuovamente l’abitato.

La popolazione fu definitivamente trasferita nel sottostante Borgo Marturi, l’odierna Poggibonsi e la collina ebbe essenzialmente funzione di cava per materiali lapidei.