Le proprietà dell’abbazia non risentirono dell’episodio e con lo sviluppo del nuovo centro, Marturi adattò la sua politica patrimoniale alla nuova dimensione assunta dal popolamento e dalla rete insediativa.

I monaci aprirono un nuovo fronte di attività; si impegnarono in una continua compra-vendita e permute di terreni e di case posti sia fuori che dentro Poggio Bonizio; inoltre concedevano spesso in affitto spazi aperti dentro e fuori dal circuito murario castellano e nei suoi borghi, affinchè vi venissero costruite altre case.

La situazione economica dovette precipitare con i guasti conseguiti all'assedio e all'occupazione di Poggio Bonizio da parte delle truppe francesi nel 1267 e dopo la feroce distruzione fiorentina del 1270 che lasciò in piedi solo il vecchio Borgo Marturi (odierno Poggibonsi).

Dal XIV secolo la decadenza non sembra arrestarsi e nel 1479 Marturi subì gravi danneggiamenti per l'assedio portato dal Duca di Calabria nella sua guerra con i fiorentini.

L'incuria ed il deterioramento a cui andò soggetto il complesso nei secoli successivi fecero si che Marturi fosse ceduto a privati e ridotto ad uso agricolo.

Nel 1886 vennero riedificate le mura e ricostruito l'intero stabile in stile neogotico, risparmiando solo una parte dell'antico chiostro.