Tra la fine del XVII e la prima metà del XVIII secolo parte del riempimento dell’ambiente fu svuotato al fine di costruire una serie di loculi in mattoni. Una botola quadrangolare, situata nella parte terminale della volta a botte, consentiva la deposizione. L’atmosfera priva di ossigeno permise l’avvio di un processo di mummificazione naturale delle sepolture collocatevi.

In questo periodo furono costruite alcune strutture di rinforzo in laterizi poggianti in parte sui livelli di riempimento sottostanti; sono probabilmente da mettere in relazione allo spostamento del pulpito di Nicola Pisano che, situato in origine sotto la cupola, fu trasportato in epoca moderna nella posizione attuale.

Tipologie murarie attestate nella fase IV:

Tipo 6 - Tipo 7