L’insediamento viene citato nei documenti per la prima volta nell’anno 715 d.C., quando, «ad ecclesie Sancti Genesii, in uico qui dicitur Uualari», i vescovi di Fiesole, Pisa, Firenze e Lucca, insieme con il notaio Gunteram, messo del re Liutprando, si riunirono in assemblea per dirimere la controversia tra i vescovi di Siena e Arezzo per il controllo di alcune chiese e monasteri della diocesi aretina. Almeno a partire dal 763 l’ecclesia citata nel 715 doveva aver assunto la funzione di pieve, se un documento di quello stesso anno attesta la nomina di Ratperto Prete, figlio del fu Ansinfrido, a rettore «in casa Ecclesie Sancti Genesi, in loco e plebe ad Vico Walari».
Della pieve si parla anche in un documento del 986, in cui il vescovo Teudigrimus cambia con Hugho, figlio di Adalberto, alcuni beni posti a Castiglione di Montioni, nel Comitato di Populonia, con altri posti «infra plebem S. Genesii».
Nel corso del X secolo la chiesa è indicata con una nuova titolazione: nel 930 Pietro vescovo di Lucca, col consenso dei suoi sacerdoti, ordina il prete Rodilando «in Ecclesia illa cui vocabulum fuit Sancti Genesi, seo et Sancti Johannis Baptiste, que modo esse videtur scita loco, ubi dicitur Vico Vallari prope fluvio Elsa, quod est Plebem Baptismale». Il documento, oltre a mostrare come all’antica titolazione a S. Genesio si sia aggiunta quella a S. Giovanni Battista, dà anche alcune informazioni topografiche per la collocazione della pieve e del vico: si dice infatti che esso si trova presso il fiume Elsa. Quanto detto è confermato in un documento di poco posteriore, datato 943, in cui Eriberto allivella ad Odalberto, figlio di Benedetta, tutti i beni della pieve di S. Genesio di cui egli è rettore e custode per il censo annuo di 240 soldi d’argento. Anche in questo caso si fa infatti riferimento alla chiesa «cui vocabulum fuit S. Genesi, et modo S. Johannis Bapt. esse videtur, quod est plebem baptisimalis sita loco et finibus ubi dicitur Vico Vallari prope fluvio Elsa». Le stesse indicazioni topografiche si ritrovano in documento del 980, con cui il vescovo Wido, col consenso del suo clero, ordina Bernardo, figlio di Richizia, nella pieve di S. Genesio di Vico Vallari.
Alla fine del secolo l’abitato compare anche, come S.ce Dionisii, tra le submansiones del viaggio dell’arcivescovo Sigerico da Roma a Canterbury, effettuato intorno al 990, dopo le pievi di Santa Maria a Chianni e San Pietro a Coiano, San Quintino e Calenzano, e prima dell’Arne Blanca e Aqua Nigra.
Da un documento del 991 sappiamo anche quali erano le ville dipendenti dalla pieve: Tabbiano, Cerignana, Roffie, Governatici, Marcignana, Suzione, Briscana, alia Briscana, Gallatari, Callizana, Burgo S. Genesii, Cerbaiola, Reganafa, Unguaria, Castelune, Martiana, Scanalicio, Padule, Suppineto, Gallano, Capriata, S. Winitino, Ducenta, Paduleccle, Planectule, Monte S. Miniati e Caprile.
Dalla bolla di Celestino III (1195), con cui la chiesa è presa sotto la protezione apostolica, possiamo poi far risalire al tempo del vescovo Giovanni II (1023-1056) l’esistenza di una canonica dotata di ampie concessioni. A partire dalla metà dell’XI secolo, a quanto ci testimoniano le fonti scritte, il vico e la chiesa diventano luogo privilegiato per le diete imperiali. Il primo ad indirvele è Enrico III, nel 1055, mentre il sinodo indetto, nella seconda metà del secolo, probabilmente verso il 1060, da Gregorio VII «apud S. Genesium, quod castrum e civitate lucana non multum distat» non pare che sia stato fatto presso il San Genesio sanminiatese, ma a San Genesio di Mammoli, nei dintorni di Moriano, molto più vicino a Lucca e ricordato nei documenti, già a partire dall’XI secolo, come castello e castrum.
In un documento del 1064 e in uno del 1072 si ricorda poi l’esistenza di un chiostro della canonica e della pieve.
Altri riferimenti alla pieve di San Genesio provengono da un documento del 1068, in cui la chiesa di San Pietro di Marcignana viene detta sotto la giurisdizione della pieve di San Genesio.
Nel 1136 il nostro borgo viene occupato dal margravio Enrico di Baviera, che costeggiando l’Arno si spostava verso occidente, ostacolato dai lucchesi.
Due anni dopo, nel 1138, sempre a San Genesio, per stilare una pace in vista di una rinnovata pressione del potere imperiale sulle città toscane, per la possibile elezione di Enrico a successore dell’imperatore Lotario II, morto nel 1137, si riuniscono i consoli di Lucca, Pisa e Firenze, insieme con illustri senesi. È in questo contesto che va interpretata anche la cessione del castello e distretto di Montopoli, fatta, «in Burgo, qui dicitur sancti Genesi» dai fratelli Tancredo e Ranuccio, figli del qd. Bernardo da Lucardo, in mano di Baldiccione Console Lucchese, a favore del Vescovato di Lucca, alla presenza di Teuperto Console Pisano e dei Consoli fiorentini.
Dal nostro borgo, chiamato Sanctinus borg, passerà tra il 1151 e il 1154, seguendo la via Francigena, anche Nikulas di Munkathvera, abate del monastero di Thingor, in Islanda, partito in pellegrinaggio per Roma e la Terrasanta.
Poco dopo la metà del secolo, nel 1160, Guelfo, zio del Barbarossa e margravio della Tuscia, convoca una nuova dieta a S. Genesio alla presenza dei consoli di Pisa, Lucca, Pistoia, Siena e Firenze, del conte Gherardo della Gherardesca e del conte Ildebrando degli Aldobrandeschi. Nel 1162 e nel 1164 è invece Rainaldo di Dassel, legato imperiale, a convocare due nuove diete a S. Genesio, chiamandovi prima i conti della Gherardesca e Aldobrandesca, il conte Alberto e i consoli di Lucca, Firenze e Pistoia e poi i messi delle città, dei conti e dei vassalli della Tuscia. Poco dopo, nel 1165 e nel 1172, anche Cristiano, arcivescovo di Magonza, mandato in Italia da Federico Barbarossa per ristabilire l’autorità imperiale, convoca due nuove diete a San Genesio.
Nel corso della seconda metà del secolo il borgo deve aver poi subito una distruzione, se, nel 1188, è tramandata notizia di una sua riedificazione da parte dei lucchesi.
Due anni dopo, nel 1190, San Genesio compare tra i centri il cui redditus è impegnato dal rappresentante imperiale «Henrigus Testa Mariscalchus Domini Regis Henrigi e pro eodem Legatus totius Tuscie» al vescovo di Volterra Ildebrando, in cambio di 1000 ducati d’argento che gli servivano per finanziare una spedizione in Sicilia.
Nel 1191 dal borgo passa un altro personaggio illustre: si tratta di Filippo Augusto, re di Francia, reduce dalle crociate, che chiama San Genesio «St. Denis de Bon Repast». Ma uno dei documenti più importanti per l’identificazione dell’ubicazione del borgo e della sua pieve è senza dubbio la bolla datata 1195, con cui papa Celestino III prende la chiesa sotto la sua protezione e ne conferma i possedimenti: «Locum ipsum in quo plebs ista sita est; domum etiam Leprosorum, cum Eccesia Sancti Lazari iuxta eamdem Plebem cum pertinentiis suiis; […] in Burgo quoque Ecclesiam Santi Egidii cum pertinentis suis; ecclesiam Santi Christophori, Santi Iusti et Santi Angeli supra burgum, cum omnibus pertinentiis suis; in eodem etiam burgo Ecclesiam Santi Petri». Come si legge nelle parole di Celestino la chiesa di San Lazzaro, con la casa dei lebbrosi, si trovava vicino alla pieve, la chiesa di S. Egidio e quella di S. Pietro erano collocate all’interno del borgo e quella di S. Cristoforo, S. Giusto e S. Angelo sopra di esso. Seguendo le indicazioni di Celestino III e confrontandole con i dati topografici attuali, sembra possibile identificare la chiesa di S. Angelo con S. Angelo di Montorzo e la chiesa di S. Lazzaro con la cappella, che ha la stessa titolazione, posta vicino al cimitero di Pino-Ponte a Elsa.
Nella bolla, che conferma quanto già emanato da Alessandro II (1061-73), Pasquale II (1088-1118), Eugenio III (1145-1153), Anastasio IV (1153-1154), Alessandro III (1159-1181), Lucio III (1181-1185), Clemente III (1187-1191) e che sarà ripreso da Innocenzo III (1205), il papa vieta poi che si costruiscano chiese, oratori ed ospedali senza il consenso del vescovo di Lucca e dei canonici di S. Genesio, ai quali è concesso anche il diritto di eleggersi il preposito, a cui è data facoltà di correggere i suoi sudditi. Si concede poi la libertà di sepoltura presso la chiesa e quella di celebrare i divini uffici ianuis clausis, e si stabilisce che non sia ordinato il rettore nelle loro chiese senza il loro consenso.
In seguito alle guerre tra guelfi e ghibellini scoppiate a San Miniato, nel 1197, i samminiatesi, dopo aver distrutto la rocca sede del dominio tedesco, «abbandonano e ruinano le proprie case e scendono ad abitare, parte in S. Genesio, e parte a Santa Gonda».
Nello stesso anno, approfittando della debolezza del potere imperiale, lacerato, dopo la morte dell'imperatore Enrico VI, per la lotta tra Filippo ed Ottone IV, nella chiesa di S. Cristoforo a San Genesio, per iniziativa di Papa Celestino III, alla presenza di due prelati, si riuniscono i consoli di Firenze, Lucca, Siena, Prato e San Miniato (con i consoli Senzanome e Vacaio), il vescovo Ildebrando di Volterra, e i legati di Pistoia, Poggibonsi, dei conti Guidi e di altri signori di Toscana. Questi si stringono in lega (la Lega Guelfa) e si giurano reciproca difesa, impegnandosi a non riconoscere imperatore o re senza ordine della chiesa, a prestare aiuto alla chiesa e a eleggere dei capitani da spedirsi alle adunanze delle singole città. Scopo principe è la resistenza contro una restaurazione della signoria tedesca. Si stabilisce poi che ogni membro debba ottenere la sovranità nel proprio territorio, non violando i diritti degli altri membri. Il vescovo di Volterra è posto a capo della Lega.
L’anno successivo, nel 1198, «lo populo di Saminiato distrusse lo Borgo San Ginegi, il quale avea Luccha fondato e edificato». Ma, come ci racconta l’annalista Tolomeo, San Genesio risorge l’anno dopo sempre per opera lucchese: «lucenses aedificaverunt burgum S. Genesii, sive reparaverunt, ut gesta lucensium dicunt». La storia delle successive distruzioni e ricostruzioni non finisce però qui: nel 1200, a quanto dice Giovanni Villani, «i Samminiatesi disfeciono il borgo a Sanginegio ch’era nel piano di Sanminato, ed era molto ricco e bene abitato; e per più fortezza si tornarono ad abitare al poggio, e rifero il castello di Sanminiato il quale aveano disfatto poco tempo dinnanzi, sicchè in corto tempo feciono due follie».
La crisi dell’abitato si preannuncia però all’inizio del 1200, quando Federico II, fatto imperatore, dona, nel 1217, il borgo di San Genesio a San Miniato, concedendo che la strada che passava ai piedi del colle fosse deviata verso il castello. Ne seguì uno spopolamento della pianura che spinse il pontefice, nel 1236, preso anche atto della distanza tra la pieve e il castello di San Miniato (circa due miglia), a concedere la facoltà di seppellire e battezzare nella chiesa del castello predetto.
Un tentativo di rivitalizzare il borgo si può cogliere nella sua ricostruzione nel corso del 1240 da parte dei Lucchesi, che forse approfittarono di un momento di debolezza del comune di San Miniato, che in quegli anni stava subendo la riaffermazione del potere imperiale. Federico II, infatti, da una parte stava fortificando la rocca e dall’altra abbatteva le torri, o meglio le case torri, come ipotizza giustamente il Morelli, delle maggiori famiglie locali. L’interesse di Lucca sembra confermato anche dall’attività del taverniere inglese Gilberto, «civis lucanus», che nel 1243 con il «magister Arrighettus qui moratur Pisis in Chinsica» e il «magister Baroncius guercus q. Guidonis qui moratur Senis in pelliciaria» costituisce una società «super facto fovee mictende burgi Sancti Genesii». Ma la fine del borgo era poco lontana: nel 1248, San Genesio “fu disfatto per modo, che mai più non si rifece” e secondo un’antica cronichetta lucchese in volgare, databile alla fine del XIII o all’inizio del XVI secolo, il borgo fu incendiato. Con questo atto i sanminiatesi riuscirono, approfittando di un momento di crisi del partito ghibellino, ad estromettere definitivamente Lucca dal loro territorio.
Tracce dell’abitato dovevano comunque essere ancora visibili nel 1297 quando «Cambio Aldobrandini Bellincionis et Bonaiuto Galgani» notai, nel corso di una ricognizione volta a definire i confini tra i distretti di Firenze e San Miniato, misurano i limiti del territorio del fu borgo di San Genesio. Seguendo le indicazioni dei due notai il territorio del borgo di San Genesio occupava una striscia di terreno che costeggia il rio Riosoli fino a S. Lazzaro, poi il rio Mugnana, fino all’Elsa e da qui fino all’Arno, ed aveva per limite occidentale una linea che passa per casa Trapezzana, poggio S. Angelo e poggio Terralba, fino a Campoberti.
Ancora nel 1337 la pieve di San Genesio, o quantomeno i suoi resti, dovevano essere in vista, se una rubrica degli statuti del comune di San Miniato, che riguarda la costruzione di un argine per la protezione degli abitanti e della zona della villa Isola, prende come punto di riferimento la «plebem veterem de Sancto Genesio», posta «in plano Sancti Miniatis».
Un altro atto del 1714 ricorda due campi lavorativi vitati e prodati posti nel popolo di S. Angelo a Montorzo, confinanti con la strada maestra pisana e con quella comunale che va a Capocavallo: questi campi si dicono posti a Borgo vecchio o altrimenti chiamati Campi di San Genesio, per essere contigui alla chiesa di tal nome.
A ricordo dell’antico vico e della sua pieve rimane tutt’ora una cappella fatta restaurare dal vescovo Torello Pierazzi, come dice l’epigrafe posta sopra la porta d’ingresso: «Anno 1248 parvulam hanc aedem, locis maioris ecclesiae ad signum in agro positam, vetustate confectam, a divinis abdicatam, Torellus Pierazzi civis et episcopus miniatensis, instaurandam curavit, et testem tantarum rerum, veterisque dignitatis, sacris restituit anno 1841. Petrus Bagnoli scripsit».